違章建筑由縣級以上人民政府城市規(guī)劃行政主管部門管。法條依據(jù)：《城市規(guī)劃法》第四十條：在城市規(guī)劃區(qū)內(nèi)，未取得建設(shè)工程規(guī)劃許可證件或者違反建設(shè)工程規(guī)劃許可證的規(guī)定進(jìn)行建設(shè)，嚴(yán)重影響城市規(guī)劃的;由縣級以上人民政府城市規(guī)劃行政主管部門責(zé)令停止建設(shè)，限期拆除或者沒收違法建筑物、構(gòu)筑物或者其他設(shè)施。

拆除違章建筑的程序是怎樣的?

(一)查明事實階段

即查清違章建筑形成的時間、原因、結(jié)構(gòu)、面積、用途，是否存在民事糾紛，是否存在同時違反兩個以上的行政法律規(guī)范的情形，是否已經(jīng)行政執(zhí)法機(jī)關(guān)查處等。對已經(jīng)查處的按查處的結(jié)論辦理，對未經(jīng)查處的，進(jìn)入下階段。

(二)處理和處罰階段

第一步按時間分類分流。 根據(jù)各地城市規(guī)劃的具體時間合情合理地確定違法建筑的時間界限。具體可采取兩段式或三段式。兩段式即劃定一個時間點，在此時間點之前形成的違章建筑可補辦手續(xù)作合法建筑處置，在時間點后的作違章建筑處理。三段式是劃定兩個時間點，在第一個時間點前的一律補辦手續(xù)，不予處罰，作合法建筑處置：在第一個時間點之后，第二個時間點之前的，從寬處理，能不拆除或沒收，一律不處以拆除或沒收;可以不予行政處罰的，一律不予行政處罰：在第三個時間點之后的要從嚴(yán)處。其中，多數(shù)學(xué)者建議采取三段式，理由是城市規(guī)劃是一個復(fù)雜的過程，應(yīng)當(dāng)有一個過渡期。對可以直接補辦手續(xù)的，直接進(jìn)入補辦手續(xù)階段;對需進(jìn)一步處理的則進(jìn)入下一步。

第二步，按是否存在違章建筑的行為同時違反了兩個以上的行政法律規(guī)范的情形為標(biāo)準(zhǔn)分類分流。

若不存在這一情形，則一般是只違反建設(shè)規(guī)劃的，則交由建設(shè)規(guī)劃行政主管部門處理;若存在這一情形的，則由一個行政主管部門牽頭處理。

第三步，作出處理或處罰決定。 然后根據(jù)處理或處罰決定分別處置，對補辦手續(xù)的，進(jìn)入補辦手續(xù)階段;對處以沒收或限期拆除的，進(jìn)入執(zhí)行階段。

(三)補辦手續(xù)階段

對依法應(yīng)當(dāng)直接補辦手續(xù)或經(jīng)過處罰后要求補辦手續(xù)的，由違章建筑的當(dāng)事人到相關(guān)行政部門補辦手續(xù)。需要特別說明的是：無論當(dāng)事人是否補辦了手續(xù)，其對建筑物的相應(yīng)權(quán)利已得到有權(quán)行政機(jī)關(guān)的認(rèn)可，故當(dāng)事人享有相應(yīng)的物權(quán)，從而成為拆遷法律關(guān)系的當(dāng)事人，其享有被拆遷人的權(quán)利，并承擔(dān)相應(yīng)的義務(wù)。當(dāng)事人在補辦手續(xù)后進(jìn)入簽定安置補償協(xié)議階段;當(dāng)事人不補辦手續(xù)的，可經(jīng)拆遷人申請，進(jìn)入行政裁決階段。

在此階段，相關(guān)行政部門應(yīng)將當(dāng)事人補辦手續(xù)的情況及時通報給稅務(wù)部門，由稅務(wù)部門根據(jù)當(dāng)事人建筑物的實際用途、時間等決定是否追繳營業(yè)稅、所得稅。

(四)簽定安置補償協(xié)議階段

在此階段，由拆遷雙方自行確定安置補償方案。對商議不成的，經(jīng)一方當(dāng)事人申請可進(jìn)入行政裁決階段;對達(dá)成協(xié)議后，被拆遷人拒不履行的，經(jīng)拆遷人申請，可進(jìn)入強(qiáng)制拆遷階段，由人民法院依法強(qiáng)制執(zhí)行。

(五)行政裁決階段

對拆遷當(dāng)事人經(jīng)商議未能達(dá)協(xié)議，經(jīng)一方當(dāng)事人的申請行政裁決的，行政機(jī)關(guān)應(yīng)予受理。行政機(jī)關(guān)在受理后，應(yīng)及時將申請人的申請書及證據(jù)發(fā)送給對方當(dāng)事人，并告知其權(quán)利與義務(wù)。行政機(jī)關(guān)在查明事實的基礎(chǔ)上，在法定期限內(nèi)就安置補償作出行政裁決決定，并明確當(dāng)事人搬遷的期限。

(六)強(qiáng)制執(zhí)行階段

對于被拆遷人(即違章建筑的當(dāng)事人)不履行安置補償協(xié)議或安置補償裁決的，經(jīng)申請，可由人民法院依民事司法強(qiáng)制執(zhí)行程序或行政司法強(qiáng)制執(zhí)行程序強(qiáng)制執(zhí)行，亦可由人民政府責(zé)成相關(guān)行政部門組織行政強(qiáng)制拆遷，強(qiáng)制被拆遷人搬遷，并拆除其建筑物等。