雖然飼料酵素已經(jīng)被很多飼料生產(chǎn)者和養(yǎng)殖場認可，但在我國使用和生產(chǎn)中還存在很多問題。如何合理避免這些問題，使微生物飼料酵素的質(zhì)量更好，是目前需要解決的關(guān)鍵點。

　　生產(chǎn)問題

　　我國現(xiàn)有的飼料酵素工廠規(guī)模較小，與其他發(fā)達國家相比，發(fā)酵技術(shù)和設備相對落后。目前國內(nèi)沒有統(tǒng)一的生產(chǎn)標準和生產(chǎn)管理體系，因此在發(fā)酵環(huán)境和條件上存在很大的隱患，產(chǎn)品也可能存在缺點。因此，在實際生產(chǎn)過程當中，要對生產(chǎn)標準和生產(chǎn)管理體系提出明確要求，引進先進技術(shù)和設備，建設一批高素質(zhì)的專業(yè)技術(shù)隊伍，才能達到預期的生產(chǎn)目標。

　　菌種問題

　　我國的飼料酵素起步較晚，飼料原料種類繁多，理化性質(zhì)差異較大，不同的菌種具有不同的特性，就相關(guān)發(fā)酵菌種而言，仍不可滿足飼料發(fā)酵的需要。因此，建議挑選國內(nèi)用量較大的成熟飼料發(fā)酵劑產(chǎn)品，尤其是酶菌結(jié)合的復合益生菌飼料發(fā)酵劑產(chǎn)品。

　　發(fā)酵原料問題

　　飼料酵素的原料種類很多，既有豆粕、棉粕、菜粕等蛋白飼料原料，也有鮮廢渣、果渣、菜尾菜等非常規(guī)飼料原料。原材料的質(zhì)量監(jiān)督相對困難。因此，應加強對飼料酵素原料來源的監(jiān)管，避免不合格飼料進入飼料廠。

　　安全問題

　　飼料酵素發(fā)酵使用的菌種為活菌(如EM菌)，其質(zhì)量一般不穩(wěn)定，容易失活。所以要保證一定數(shù)量的活菌在飼料酵素，尤其是復合菌可以轉(zhuǎn)化為腸道內(nèi)的優(yōu)勢菌，抑制病原菌的生長繁殖。同時也要保證活菌數(shù)不要過高，避免腸道內(nèi)微生態(tài)平衡被破壞，優(yōu)勢菌轉(zhuǎn)化為致病菌。

　　大量生長促進劑的使用

　　由于一些小型飼料廠的工藝和流程不完善，發(fā)酵產(chǎn)品純度低，雜菌多，動物長期食用可能會腹瀉。如果大量添加桿菌肽鋅、金霉素等抗生素來解決這一問題，會造成抗生素殘留等問題，同時部分發(fā)酵菌株可能會產(chǎn)生耐藥性。因此，應加強發(fā)酵菌株的耐藥性和毒理學檢測，以及工廠化飼料中抗生素的檢測。

　　保存問題

　　不同的飼料原料經(jīng)菌種發(fā)酵后具有不同的理化性質(zhì)和生物功能，因此添加飼料時的比例和飼喂方式也不同。飼料生產(chǎn)出來后會一直處于發(fā)酵狀態(tài)，可能會因為溫度、濕度等因素的變化而容易霉變，所以飼料酵素一般對儲運條件要求較高。